Deze collectie werd samengesteld in de periode 1797-.
De stichting van de universiteitsbibliotheek was een gevolg van de Franse Revolutie. In 1795 werden de Zuidelijke Nederlanden gehecht aan de Franse Republiek en gingen de revolutionaire maatregelen er van kracht. Als gevolg van de nationalisatie van kloosters, abdijen en religieuze instellingen belandden zeer omvangrijke bibliotheekcollecties in het openbare domein. In Gent werden deze religieuze collecties gecentraliseerd in de opgeheven Baudeloo-abdij aan de Ottogracht. Een Jury Temporaire des Arts et Sciences, die geleid werd door Karel van Hulthem (1764-1832), zorgde ervoor dat de verzegelde bibliotheekcollecties van het Scheldedepartement overgebracht werden naar de voormalige abdij. Daar werden ze ingezet als bibliotheek van de École centrale, een soort middelbaar onderwijs dat de Franse revolutionairen ingericht hadden. Vanaf 1801 was deze bibliotheek ook geopend voor het publiek. In 1804 werd het een stadsbibliotheek en vanaf de stichting van de Gentse Universiteit in 1817 tot en met de verhuis naar de Boekentoren in 1942 een universiteits- en stadsbibliotheek. Daarna fungeerde ze enkel nog als universiteitsbibliotheek, al was ze dat in feite al veel langer.
In de negentiende eeuw werd de bibliotheek geleid door een reeks befaamde geleerden en bibliofielen, waaronder Karel van Hulthem, Jules de Saint-Genois (1813-1867), Ferdinand Vander Haeghen (1830-1913) en Willem de Vreese (1869-1938). Naast een aantal grotere acquisities in het recentere verleden is de erfgoedcollectie van de Boekentoren, zijn historische kerncollectie, vooral het resultaat van de confiscaties na de Franse Revolutie en de verzameldrift van de negentiende-eeuwse bibliothecarissen.
Waaruit bestond de collectie in 1797? De oudste blik op de inhoud van de pas opgerichte bibliotheek vormen de Fragments d’un catalogue de Mss. de la Bibliothèque par M. Van Hulthem, die omstreeks 1800 moet zijn opgesteld. Deze rudimentaire catalogus, die nog geen plaatsingsnummers bevat, beschrijft op losse wijze het handschriftenbezit. Van Hulthem had vooral veel aandacht voor de volumes afkomstig uit de Sint-Baafsbibliotheek die verzameld waren door abt Raphaël de Mercatellis (c.1437-1508). Bij het Liber Floridus noteert Van Hulthem: "ms. sur velin in folio, écrit vers l’an 1125, avec beaucoup de figures en couleur. Ms. curieux".
Uitvoeriger beschrijft Van Hulthem de bibliotheek in een nota van 22 juli 1801, waarin hij de collectie gedrukte werken op een optimistische vijfendertig à veertigduizend volumes schat. Zoals te verwachten was, gezien haar religieuze oorsprong, bestond de overgeleverde collectie voor het grootste deel uit theologische werken. Ook de afdelingen jurisprudence en histoire waren goed vertegenwoordigd, met onder andere eerbiedwaardige bronnenreeksen als de Recueil des historiens des Gaules et de la France of de Acta Sanctorum van de Bollandisten. Men bezat het werk van zeventiende-eeuwse geleerden als Jean Mabillon (1632-1707) en Ludovico Antonio Muratori (1672-1750), een mooie klassieke collectie (hoewel de Griekse auteurs nog ontbraken), wat woordenboeken en encyclopedieën, maar bijna geen werken over kunst en literatuur en helemaal niets over geneeskunde en natuurwetenschappen. Toch besloot Van Hulthem: "En général nous avons un très-beau fond pour commencer une Bibliothèque Publique".
In de volgende jaren volgden er nieuwe schattingen en beschrijvingen. Bibliothecaris Joseph-Antoine Walwein de Tervliet (1810-1817) telde in 1813 26 605 volumes waarvan 262 handschriften en 26 343 drukwerken. Zijn opvolger Pierre Lammens (1817-1835) berekende in 1827 de collectie op 426 handschriften en 42 824 boekdelen zonder 'een vrij groot aantal vliegende stukjes' mee te tellen. Na de Belgische Revolutie kwam er een hervormingsperiode, met een nieuwe bibliothecaris Auguste Voisin (1835-1843) en een nieuw bibliotheekreglement uitgevaardigd in 1837. Op dat ogenblik beschikte de bibliotheek over een collectie van 51 601 gedrukte werken, waaronder 325 incunabelen en 556 handschriften. Volgens Voisin berustte die bibliotheekrijkdom nog steeds vooral op het oude, museale fonds, en stond het wetenschappelijke fonds zwak: in de medische, de natuurwetenschappen en de ingenieurswetenschappen was volgens hem een grote inhaalbeweging nodig. De jonggestorven Voisin werd opgevolgd door Jules de Saint-Genois (1843-1867). Aan het einde van diens mandaat was de collectie aangegroeid tot 83 166 boeken, 376 incunabelen en 816 handschriften. Tijdens het mandaat van Ferdinand vander Haeghen (1869-1911) groeide de collectie nog eens aan met gemiddeld zesduizend volumes per jaar. Onder Vander Haeghen groeiden vooral ook de bijzondere collecties enorm aan. Aan de vooravond van de Eerste Wereldoorlog, iets meer dan honderd jaar na de stichting, beschikte de bibliotheek als gevolg daarvan over ongeveer vierhonderdduizend volumes.