Het primaire fonds handschriften bestond hoogstwaarschijnlijk voor twee derde tot drie vierde uit de manuscripten beschreven in Joseph Antoine Walweins '
Catalogue des manuscrits de la bibliothèque publique de la ville de Gand' (1816). De 234 gecatalogeerde manuscripten werden in twee fasen verkregen.
De eerste reeks werken werd in 1797 overgebracht en was enerzijds afkomstig uit onder andere de bibliotheken van de voormalige Raad van Vlaanderen en andere afgeschafte instellingen uit het ancien regime, van de Kastelenij van Oudburg, en van de schepenrechtbanken. Anderzijds komen ze voornamelijk voort uit de bibliotheken van de Baudelo-, Sint-Baafs- en Sint-Pietersabdij, alsook uit de boekerijen van de recollecten, geschoeide karmelieten, ongeschoeide karmelieten, dominicanen, augustijnen, en de abdijen van Waarschoot en Drongen. De meest kostbare handschriften komen uit de collectie van de Sint-Baafsabdij, zoals bijvoorbeeld de reeks handschriften van abt Raphael de Mercatellis (ca.1437-1508) en het
Liber Floridus (
BHSL.HS.0092).
De tweede zending kwam aan op 19 augustus 1809 en omvatte vijf grote kisten. Deze bevatten "een groot aantal zeer mooie handschriften" afkomstig van de Sint-Pietersabdij. De kisten waren in Amsterdam onderschept net voordat ze naar Engeland zouden worden gesmokkeld. In 1818 werd de handschriftencollectie aangevuld met een 200-tal manuscripten bij de aankoop van de bibliotheek van Pieter Lammens. De handschriften waren afkomstig van de Sint-Pietersabdij, de Sint-Baafsabdij, de abdij van Cambron, en van de abdijen van Sint-Maximinus, van Sint-Martinus en Sint-Matthias in Trier, alsook van de kartuizerabdij in Saint-Omer en de karmelieten van Dijon.
Daarna groeide de handschriftencollectie verder aan via aankopen, schenkingen en ruil. Een inventarisatie van maart 1827 telde reeds 426 manuscripten. Eind oktober 1837 bevatte de bibliotheek er 556. In 1840-1841 werden volgende handschriften verworven: "
quelques bons classiques latins de 12e et du 13e siècles et […]
un magnifique exemplaire du roman de la rose, sur peau vélin, du 13e siècle." In 1843-1844 werd een getijdenboek verworven:
Liber beatae Mariae de baudeloo. Het verslag van de Stad Gent van 1844 vermeldt de acquisitie van 16 handschriften, waarvan de belangrijkste zijn: "
les écrits historiques de Custis, 18 volumes in 4°; l’histoire de Philippe le Hardi, par le père de Jonghe; un magnifique livre d’heures, écrit au XV siècle; et le catalogue méthodiqe des livres imprimés par Elzevirs, les Aldes, les Juntes (en écriture moderne)." In 1844-1845 werden 13 manuscripten verworven, waaronder "
un recueil d’ordonnances des métiers et corporations de Gand." In datzelfde jaar schonk raadsman Verbaere een waardevolle collectie regelementen, ordonnanties en andere documenten met betrekking tot de Oostenrijkse Nederlanden tijdens de zeventiende en achttiende eeuw (9 manuscripten en 7 gedrukte werken). In 1845-1846 schonk de Franse overheid de waardevolle
Collection Orientale (5 vols.). In het academiejaar 1847-1848 schonk professor Jean-Baptiste Minne-Barth (1796-1851) zeven handschriften aangaande de geschiedenis van Vlaanderen en "
le chapitre de Ste. Pharaïlde." De '
Catalogue méthodique et raisonné des manuscrits de la bibliothèque de la ville et de l’université de Gand' (1852) van Jules de Saint-Genois (1813-1867) vermeldt 684 handschriften. In 1865 was het aantal gestegen tot 816.
De geschiedenis van de handschriftencollectie van de Gentse Universiteitsbibliotheek in de tweede helft van de negentiende eeuw is bijzonder moeilijk te reconstrueren. De huidige signaturen bieden immers weinig of geen houvast, en daar, met uitzondering van de allervroegste aanwinsten na de publicatie van Saint-Genois' Catalogue', ook geen andere systematische nummering uit die tijd bekend is, lijkt alles erop te wijzen dat onder het conservatorschap van Ferdinand Vanderhaeghen (1830-1913) een tijdlang manuscripten werden verworven en zonder catalografische verwerking opgeborgen. Pas later (misschien niet vroeger dan omstreeks de eeuwwisseling, of zelfs niet voor het aantreden van Willem de Vreese (1869-1938) als hoofdbibliothecaris in 1911) werd een grote inhaalbeweging uitgevoerd. Hierbij werden aan een aantal ongenummerd gebleven handschriften geheel onafhankelijk van hun tijdstip van inkomst een Ms.-signatuur toegekend.
Voor de chronologie van de aangroei zijn we ook voor dit deel van de collectie op andere indicaties aangewezen. Een eerste belangrijk hulpmiddel is het doorschoten 'handexemplaar' dat Saint-Genois van zijn catalogus liet vervaardigen, waarin hijzelf de nieuwe aanwinsten registreerde en kort beschreef. Uit de aanvulling bij de 'Concordance' achterin dit handexemplaar blijkt dat onder Saint-Genois zelf nog 47 handschriften de verzameling kwamen verrijken. De nummers 643 tot 689 in de 'Concordance' staan als extra nummers bij vergelijkbare nummers in de oorspronkelijke catalogus, waar dan de betreffende beschrijving is terug te vinden. Vanderhaeghen, wiens hand zowel in de concordantie als in de beschrijvingen zelf te herkennen is, zette het systeem nog enige tijd voort, maar gaf er na een dertigtal nieuwe nummers de brui aan. Bij de nummers 690 tot 721 in de handgeschreven aanvulling bij de concordantietabel wordt niet langer naar de bestaande catalogusnummers verwezen, maar wel naar de bladzijde waarnaast de nieuwe vermeldingen, ditmaal onder hun eigen nummer (nr. 690 enz.), zijn opgetekend.
Voor het overige zijn we (afgezien van de gegevens in veilingcatalogi, in de vakliteratuur en van de herkomstkenmerken in de handschriften zelf) voor de historiek van de verzameling aangewezen op het inschrijvingsregister van de bibliotheek (vanaf oktober 1845), waarin de uitgaven voor nieuw verworven handschriften (tussenin alle andere kosten voor boeken, tijdschriften en logistieke benodigdheden) boekhoudkundig werden verantwoord. Dit inschrijvingsregister bevestigt de indruk dat, hoewel de collectie zelf gestadig toenam, vanaf een bepaald moment de nummering niet meer werd voortgezet en pas later in een grote inhaaloperatie weer werd bijgewerkt.
