In 1970 wordt een aparte afdeling gemaakt voor de archieven die in de Boekentoren berusten, de handschriften III (HS.III). Het merendeel van de archieven bevindt zich in dit fonds en verder in de twee thematische fondsen Gandavensia en Vliegende Bladen. Enkele oudere archiefbestanden, zoals het 17de- en 18de-eeuwse archief van de familie De Ligne (BHSL.HS.4237), en het omvangrijke archief van de Oostendse Compagnie (BHSL.HS.1826-2122 en BHSL.HS.3385), zijn als ‘gewone’ handschriften opgenomen. _x000D_
HS.III. bevat tot nu 174 archieffondsen. Hoofdzakelijk afkomstig uit de negentiende en twintigste eeuw, aangevuld (na 2000) met enkele nieuwe, éénentwintigste-eeuwse. Hoe komt het dat archieven bewaard worden in een bibliotheek? Al in de jaren 1800 is er een stedelijke en departementale archiefwerking, die geleidelijk institutionaliseren tot stadsarchief en provinciaal archief. In 1830 wordt het Algemeen Rijksarchief in Brussel opgericht. Dat er toch archieven in de Gentse universiteitsbibliotheek belanden, heeft een dubbele verklaring. De rijks- en stedelijke archieven waren/zijn in de eerste plaats gericht op overheidsarchief. Persoonlijke archieven van verenigingen en personen hadden hier lange tijd geen plaats. Daarnaast voert de Gentse stads- en universiteitsbibliotheek, zeker in de negentiende eeuw, een actieve verwervingspolitiek van lokale collecties. Daarbij wordt geen onderscheid gemaakt tussen vorm of drager, tussen bibliotheek-, archief- of museale stukken. Ook institutioneel is de verstrengeling groot: hoofdbibliothecaris Jules de Saint-Genois is voor zijn aanstelling provinciaal archivaris, hoofdbibliothecaris Ferdinand Vander Haeghen is betrokken bij de stedelijke Archiefcommissie. Veelzeggend is wat de historicus Paul Fredericq in 1899 schrijft: ‘Ik zend al de stukken aan Vander Haeghen voor zijn archief in de Bibliotheek.’ Bijgevolg zijn er verschillende Gentse archieven in de bibliotheekcollectie beland, vooral uit het culturele en verenigingsveld. Tot vandaag zet die traditie zich verder. De Boekentoren wordt actief aangesproken door schrijvers of kunstenaars die er hun archief willen onderbrengen. Het formele bestemmingscriterium legt het in die gevallen af tegen de uitstraling, de collectie-traditie en ook de verwevenheid van de Boekentoren met wetenschappers en actoren uit het culturele veld.