Het Grootseminarie Brugge biedt onderdak aan een omvangrijke bibliotheek en een kostbare archief- en handschriftencollectie.
Binnen de opdracht van het Grootseminarie Brugge als opleidings-, studie- en vormingscentrum van het bisdom Brugge herbergt het Grootseminarie een omvangrijke en gespecialiseerde bibliotheek van méér dan 250.000 banden en 180 lopende tijdschriften. Studenten, al wie een (kerkelijke) opleiding volgt, docenten, wetenschappelijke onderzoekers, geïnteresseerden in levensbeschouwelijke, religieuze, filosofische thema's of geschiedenis vinden er zowel populariserende werken als vakliteratuur.
Naast een levende collectie van actuele werken bewaart de bibliotheek een unieke en uitgebreide collectie bibliothecair erfgoed afkomstig van de Duinenabdij of van bisschoppen van Brugge zoals H.J. Van Susteren of J.B. Malou. Zeker de collecties incunabelen en postincunabelen is indrukwekkend qua aantal en inhoudelijke rijkdom. Het is zonder meer uniek dat deze collectie met werken daterend van het begin van de boekdrukkunst tot vandaag in situ wordt bewaard.
De kern van de historische archiefcollectie van het Grootseminarie wordt gevormd door archiefbestanden van abdijen en kloosters binnen het huidige grondgebied van het bisdom Brugge, die veelal de nasleep van de Franse Revolutie niet hebben overleefd. Naast archieven van ancien régime-abdijen bevat het archief ook bestanden van het bisschoppelijk Grootseminarie, verschillende persoonsarchieven en hedendaagse archieven van diocesane diensten die op de site van het Grootseminarie gehuisvest zijn. Het archief van het Grootseminarie herbergt ook een afzonderlijk, kostbaar handschriftenfonds. De kern van het handschriftenfonds wordt gevormd door de (middeleeuwse) handschriften afkomstig uit de bibliotheken van de cisterciënzerabdijen van Ten Duinen (Koksijde-Brugge, ca. 1138-1796) en Ter Doest (Lissewege, ca. 1175-1624). De middeleeuwse handschriften van Ten Duinen en Ter Doest in het bijzonder hebben een belangrijke historische, inhoudelijke en esthetische waarde en werden in 2015 samen met de zustercollectie die bewaard wordt in de Openbare Bibliotheek van Brugge erkend als Vlaams Topstuk. Dat de manuscripten nog grotendeels in situ, in Brugge, in de gebouwen van de voormalige Brugse Duinenabdij bewaard worden, draagt bij aan de uniciteit van de collectie. Verder bestaat het handschriftenfonds uit manuscripten afkomstig uit de bibliotheek van de Brugse bisschop Joannes Baptista Malou (1809-1864) en handschriften die het Grootseminarie in de loop van de jaren heeft verworven door aankoop en schenking. Tot slot zijn ook manuscripten uit het boekenbezit van andere abdijen, waaronder de Brugse Eekhoutabdij (ca. 1130-1796) en de Sint-Pietersabdij van Oudenburg (ca. 1084-1797) opgenomen in het handschriftenfonds van het Grootseminarie.
Deze collectie bevat door de overheid erkende topstukken.